Se il problema è la licenza di Skype, Skype è completamente gratuito quindi la GdF non dice niente.

Un problema può essere se invece l'azianda stessa non è d'accordo, perché Skype assorbe banda dalla connessione internet, anche quando non lo si usa (infatti ogni PC fa da "ponte" per la rete di Skype) o perché introduce comunqe una "apertura" della rete con qualche rischio per la sicurezza.
Certe aziende non gradiscono ed esistono anche dei programmi appositi per eliminare Skype dai PC (Skypekiller).

Se invece l'azienda è la tua, secondo me Skype è un vantaggio per i costi, molte aziande lo scelgono.

Riccardo